Frag-dist: Diversity Analysis

Description

This program use the principle of "Recombinant has high similarity with its parental sequence' to visualize the location of breakpoints and gives out the potential parental seq uences.

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>I_Abb_2Bpak_1988
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>Morocco
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>I_chinaD
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Or upload the sequence file:
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Reference sequence:

Notes:

The program only accepts DNA sequences in fasta format
If the reference sequence is not specified or does not really exist in the alignment, the programme will test each sequence in the alignment.
only deal with the gap-exclusive alignemnt

References:

van Cuyck H, Fan J, Robertson DL, Roques P (2005) Evidence of recombination between divergent hepatitis E viruses. Journal of virology, 79(14), 9306-14.

Gao F, Robertson DL, Carruthers CD, Morrison SG, Jian B, Chen Y, Barre-Sinoussi F, Girard M, Srinivasan A, Abimiku AG, Shaw GM, Sharp PM, Hahn BH (1998) A comprehensive panel of near-full-length clones and reference sequences for non-subtype B isolates of human immunodeficiency virus type 1. Journal of virology, 72(7), 5680-98.

Disclaimer:
This is not the final release version. If get any problem or suggestion, please contact Jun Fan